وفي سياق جملة المخالفات في قضية البرغوثي أكد التقرير أنه لم يتم تعبئة النموذج المعد من قبل وزارة الداخلية الخاص بشهادة الوفاة، واكتفى بتصريح دفن دون ذكر سبب الوفاة، في الوقت الذي استبق جهاز المخابرات العامة نتائج التحقيق وأعلن أن سبب الوفاة كان جلطة قلبية على الرغم من إعلانه تشكيل لجنة تحقيق داخلية لمعرفة أسباب الوفاة، وأشار التقرير أن هناك تضارباً بين التقرير الطبي الشرعي، وما أدلى به أطباء التشريح من تصريحات لوسائل الإعلام بأن البرغوثي كان مدخناً إلا أن تقرير الطب الشرعي الذي حصلت الهيئة على نسخة منه يفيد بأن الرئة نظيفة وشهادة الأهل والمعارف أنه غير مدخن.‏